3.Seria
1.díl - Pod palbou
SG-1, kromě Teal'ca, je držena na falešné základně, kterou nechala postavit Hathor. Chtěla zjistit, s jakou technologií se už setkali.
Z Jacka se má stát goa'uld, ale když mu je symbiont zaveden, tak ho tajný agent Tok'rů strčí znovu do stáze, a tak symbionat zabije. Potom se všem podaří utéct s pomocí Teal'ca.
2.díl - Seth
Na Zemi žije jeden goa'uld, Seth, a má tam svůj kult uctívačů. SG-1 se ho vydá chytit s pomocí Samiina otce, Jacoba. Seth ovládá své uctívače pomocí nějaké látky, proto si SG-1 dá do ucha čip, který jim dá elektrickou ránu, aby se probrali. Potom "zakňaktelem" proberou ostatní a Setha chytí.
3.díl - Mírová konference
Cartrová je povýšena na majora. Jack je přenesen na asgardskou loď, aby mu Thor řekl, že na Zem přijdou tři goa'uldi, aby vyjednávali o Zemi jako o chráněné planetě. Jsou to Kronos, Ti a Nirty. Během jejich návštěvy je vážně zraněn Kronos a všichni podezřívají Teal'ca. Nakonec se zjistí, že to byla Nirty, která se umí udělat neviditelnou. Kronose uzdraví pomocí goa'uldského zařízení a on s Ti odvedou Nirty pryč. Země se stala chráněnou planetou Asgardy.
4.díl - Machelův odkaz
5.díl - Zrychlené učení
Na jedné planetě jsou děti mnohem chytřejší než dospělí, dospělí se od dětí učí tím, že v určitém věku vemou dětem všechny jejich vědomosti. Na Zem přinese jedno děvče naquadahový reaktor a nabídne se, že vysvětlí, jak funguje. Po dlouhé práci ji Jack veme do školy, aby se podivala, jak žijí normální děti. Když se vrátí na svoji planetu, tak ji seberou všechny vědomosti, aby se od ní něco naučili. Ale něco se na té planetě změnilo, děti si tam začali hrát a dospělí se chovali jinak. Bylo to kvůli té dívce, která jim předala své vědomosti a i to, co zažila na Zemi ve škole.
6.díl - Jiný náhled
Z alternativní reality přijde na základnu, skrz zrcadlo, kterým kdysi prošel Daniel, Sam a Kowalski. Žádají o pomoc, protože byli napadeni goa'uldi. Spolu s SG-1 se jim podaří najít tu realitu, z které přišli a vrátí se tam. Vemou s sebou zařízení, které Jack použil, aby se dostal do jiné galaxie, a zapojí ho tam. Sam z druhé reality projde bránou a přivolá na pomoc Asgardi. Asgardi odstraní všechny goa'uldi, co byli na Zemi a SG-1 tým se mohl vrátit zpět do své reality.
7.díl - Lovec goa'uldů
Na jiné planetě se setkají s lovcem goa'uldů, který tam honí jendoho goa'ulda. SG-1 mu ho pomůže chytit, ale zjistí, že to je Tok'ra. Pokusí se s Tok'rou uprchnout, ale lovec je chytí. Chce je všechny vyměnit. Nakonec s sebou bere lovec jenom Teal'ca a při odletu nafinguje výbuch lodi, aby si goa'uldi mysleli, že jsou mrtvý. Ve skutečnosti se z lodi katapultovali. Tým najde Teal'ca a vrátí se na Zem.
8.díl - Démoni
Na jiné planetě je vesnice, do které chodí každé ráno unas, první hostitel goa'uldů, pro oběti pro Soakara. SG-1 mu je předhozena. Při cestě za Soakarem mu uprchnou a unase zabijí. Ale jeho goa'ud vleze do jednoho z vesničanů. Toho potom taky zabijí a můžou se vrátit domů.
9.díl - Bitevní řád
Jaffové, kteří slouží Apophisovi, tránují boj proti Zemi a používají přitom i zbraně ze Země. SG-1 je chce přesvědčit, že Apophis je mrtvý, aby s tim přestali, ale oni jim nevěří. Tak pustí záznam jeho smrti jako hologram celé vesnici, aby jim uvěřili a oni skončí s přípravou.
10.díl - Rozloučení navždy
Na Abydosu se Sha'ri pokusí zabít Daniela, ale Teal'c ji zabije dřív, než to stačí udělat. Daniel mu to nechce odpustit. Pořád se mu zdají sny, že je Sha'ri naživu a že musí najít jejího syna. Nakonec se probudí a je znovu na Abydosu, kdy se ho Sha'ri snaží zabít, a Teal'c ji zabije. Daniel mu to ale odpustí. Věří, že mu Sha'ri poslala vzkaz, aby našel Harsesise, jejího syna, který má všechny vědomosti goa'uldů.
11.díl - Minulost a přítomnost
SG-1 najde svět, kde nejsou žádný staří a kde si nic nepamatují od jistého dne. Mají tam jenom fotky starých lidí, ale po nich neni ani památka. Proto pomáhají zdejším lidem v pátrání, co se stalo. Pomáhá jim tam jedna žena. Ona a ještě dva lidé odejdou Zem, aby zkusili jeden lék na vrácení paměti. Když si vzpomenou, tak zjistí, že ta žena, co jim pomáhala, je ničitelka světů a že ona to všechno způsobila. Proto ji vymažou pameť a ona se vrátí zpátky na tu planetu, aniž by něco věděla.
12.díl - Vzpomínka Jolinar
Samin otec je uvězněn na měsíci Soakara, a proto se tam s Martůfem a zbytkem týmu vydá. Má totiž vzpomínky Jolinar, která byla jediná, co utekla z té planety. Dostanou se tam jako vězňové a setkají se tam s Jacobem. Při útěku jsou chyceni jednim maskovaným mužem, ukáže se, že to je Apophis.
13.díl - Vyhánění čerta ďáblem
Apophis je znovu uvězní a stane se vládcem toho měsíce. Chce je předat Soakarovi, až přiletí. A proto je vyslýchá pomocí Soakarovi krve. Mají halucinace, ale odolají tomu. Potom se jim podaří zase uprchnout kruhy a při přenosu na planetu kruhama je zachytí Teal'c v lodi. Na měsící vyvouchne bomba, kterou tam poslali a oni odletí v lodi.
14.díl - Nouzová situace
SGC je obsazena mimozemšťany, kteří mají přístroj, který jim umožňuje změnit se na určitou osobu, která je nastavená v tom přístroji.Cartrové se podaří utéct, ale oni ji najdou a tvrdí ji, že měla halucinace. Když letí zpátky, tak zjistí, že to nebyl O'neill ani Daniel, co ji vyzvedli, ale mimozemšťané. Nasadí si to zařízení, stane se z ní Daniel a vydá se na základnu s pomocí Maybourna. Na základně ji pomůže Teal'c, potom i O'neill, který se probral, když zabili toho, co se za něj vydával. Mimozemšťaně začnou utíkat, ale Sam jim zavře bránu, tak spustí autodestrukci a všichni mimozemšťané zemřou.
15.díl - Záminka
Toláni najdou na své nové planetě zraněného Ska'ru. Pozvou si k sobě SG-1, aby ho zastupovali při něčem jako je soud, kde se rozhodne, jestli vyjmou goa'ulda nebo ne. Ten kdo zastupuje goa'ulda v něm, se snaží narušit obranu Tolánů a napadnout je. Ale s pomocí jednoho Noxa, který je tam jako neutrální člověk u soudu, ukryjí jeden jejich kánon. Když goa'uldi zaútočí, tak ani jeden z kanonů nafunguje, ale ten co ukryli, tak jo, a zničí jejich mateřskou loď. Potom je ze Ska'ry vyjmut goa'uld a on se vrací na Abydos.
16.díl - Urgo
Na jedné planetě je týmu SG-1 implantován do hlavy čip, díky kterému vidí muže jménem Urgo, nikdo jiný ho nevidí. Může třeba ovládat i jejich pocity. Chtějí se ho zbavit, tak to zkusí, nejdřív si myslí, že se jim to povedlo, ale pak si všichni zpívají ve stejnou dobu stejnou písničku, tak že jasné, že tam pořád je. Chtějí se vrátit zpátky na tu planetu, ale Urgo řiká, že jeho stvořitel je zlý a ošklivý. Ale oni tam stejně jdou. Ukáže se, že jeho stvořitel vypadá stejně jako Urgo. Vyndá jim ten čip z hlavy a dá si ho do své. SG-1 ho už nevidí a vrátí se zpět.
17.díl - 100 dnů
Na planetě čeká SG-1 na padání hvězd, ale ukáže se, že budou padat na zem. Podaří se jim evakuovat část obyvatel, ale někteří tam chtějí zůstat a O'neill to nestihne a zůstane tam. Když se chce vrátit zpátky na Zem, tak nemůže, brána zmizela, tak ji začne vyhrabávat. Po sto dnech se mu ji podaří vyhrabat, když se Teal'c snaží dostat na povrch. Vykopou celou bránu a on se může vrátit domů.
18.díl - Odstíny šedi
O'neill ukradne Tolánům jedno jejich zařízení a je za to propuštěn z SGC. Potom přijme práci u jiné organizace, kde taky cestuje bránou. Má převzít zásilku od člověka, který je nastrčen do SG týmu. Zjistí, že to je v SG-1. Vrátí se na mimozemskou základnu, kde si Asgardi začnou brát věci, co jim ukradli. O'neill otevře bránu do SGC, kde jsou potom všichni zatčeni a taky ten, co byl nastrčen v SG-1. Zbytek týmu zjistí, že O'neill tu krádež jenom hrál.
19.díl - Nové poznání
Na jiné planetě vykopají bránu a vzápětí tam přijde SG-1. Když tam přiletí další lidé této země, kde se nachátí brána, tak je zajmou a nevěří jim, že přišli bránou. Nakonec se jim s pomocí zdejšího archeologa podaří utéct a jeho vezmou s sebou.
20.díl - Mateřský instinkt
Brai'tak přijde na základnu a nese zprávu, že se na Chulak vrátil a Apophis a pokouší se najít svého syna. Vydají se tedy na planetu Keb, kde by měl být. Ale vydají se tam i goa'uldi. Po pátrání v chrámu se Danielovi podaří Harsesise najít, vychovávala ho Oma de Sala, povznesená osoba. Daniel si ho chce nejprve vzít, ale nakonec jí ho nechá, protože je u ní v bezpečí.
21.díl - Křišťálová lebka
Na jiné planetě se Daniel podívá do křišťálové lebky a přenese se do jiné dimenze, protože Teal'c přerušil nějaký proces, pro ostatní je neviditelný. Teal'c se tam potom vrátí pro tu lebku a pak se vydají za Danielovým dědečkem, který našel podobnou lebku. Ukáže se, že on je jediný, kdo Daniela vidí, protože se taky podíval do očí podobné lebky. S jeho pomocí přesvědčí ostatní, že tam opravdu je, vrátí se na tu planetu a znova se podívá do očí té lebky. Všichni se přenesou do jiné dimenze až na Teal'ca, který hned potom uteče. Ostatním se ukáží obří mimozemšťané a řeknou, že tam Danielův dědeček může zůstat, protože tam už byl. Ostatní se vrátí zpět na Zem.
22.díl - Nemesis
O'neill je přenesen Thorem na jeho loď, která je na oběžné dráze Země a je napadená replikátory. O'neill zažádá o zbraně, které přenese na tu loď, ale chce aby tam nechodil už nikdo jiný, protože není návratu. Oni ale neposlechnou, tak je tam přenesen i Teal'c a Sam, Daniel nemůže, protože je po operaci slepého střeva. Chtějí vyhodit tu loď do vzduchu a aby uprchli, tak si přenesou na loď bránu, aby mohli utéct předtim, než to vybouchne. Vytočí adresu, pošlou tam nejdřív zraněného Thora, pak jdou oni a přitom O'neill nechá vybouchnout loď. Trosky spadnou do moře a na jednom kuse lodi se objeví jeden replikátor, který přežil. pokračování příště